1867年11月30日，坂本從福井回到京都。接著他開始和朋友們開會，制定出新政府的八條政策，并討論（或者寫下）了《藩論》中包含的理念。京都的形勢依然一片混亂。謠言四起。

幕府的支持者非常擔心（事實證明，這種擔憂非常合理），深恐幕后陰謀會把佐幕派藩主僅存的一點影響力也奪走。他們懷疑且痛恨一切曾經密謀反對自己的人，而在這些陰謀者當中，坂本的名氣、能力和聲望均無人能比。當初為了維持首都治安而設立的組織，最有可能拿這些自命不凡的革命者開刀。其中之一的新選組主要從京都的浪人中招募成員，而另一個組織見回組則主要由年輕的幕臣后代組成。

到了1867年，這兩個組織的人數達到幾百人之多。他們的目的就是對付密謀的浪人，冷酷而高效地處理他們。坂本和朋友們面臨的最大威脅和危險正來源于這些人。幾年前坂本從寺田屋逃脫的事現在已經家喻戶曉，包括木戶孝允在內的許多朋友都警告他說，幕府的特務很可能再次逮捕或殺死他。在最近京都的混戰中，新選組遭受了重創，其生性高傲的成員現在更是成了好斗的危險分子。

坂本知道自己很危險，但是他天性樂觀快活，很難長時間保持警惕。他的京都總部一度設在河原町一家名為“近江屋”的醬油店里。店主讓坂本住在倉庫上面的一間后房里，房間有出口，緊急時可以快速下樓逃往附近的寺廟。但是，坂本從福井回來后著涼了。為了不過于麻煩別人，他搬到了隱蔽性沒那么好的前房居住。

12月10日晚上，中岡慎太郎來這里找他。那天夜里非常冷。兩個人在坂本的臥室里聊天，隔著火盆相向而坐，盆旁邊有一盞小燈，把他們的臉照得亮灼灼的。坂本最近身體不太舒服，臉色有些蒼白，中岡則很有活力，精力充沛。當時房間里還有兩個人，一個是中岡的隨從，另一個是店家的仆役，坂本的仆人藤吉則在外間的屋里。過了一會，坂本要其中一人出去買些吃的。另一個人決定和他一起去，坂本和中岡繼續在房間里說話。

接著下面傳來了敲門聲。藤吉去開門。來人是一個陌生人，自稱來自十津川，那個地區屬于皇室的領地，出產的物品均為皇室所有。藤吉知道坂本在那里有熟人，于是拿了客人的名片轉身上樓。當他再次來到樓梯口準備讓客人進來時，三個人未經允許便沖了上來。其中一個把藤吉砍倒，另外兩人越過他沖到里間，向坂本和中岡砍去。兩人根本沒有機會把劍拔出來。坂本首先倒下，頭部、臉部、身體和四肢多處受了重傷。中岡的情況比他好一點。他的傷沒那么嚴重，但是也足以致命。中岡的陸援隊下屬田中光顯趕來時，發現三人都倒在血泊之中。

此時中岡還能向他解釋事情的經過。他的精神和意志依然很好，但是精力卻消耗得很快。田中說起井上薰在長州遇刺后奇跡般恢復的事情來鼓勵他，并提醒他即將到來的戰爭多么需要他，但是這并沒有什么作用。中岡拖了兩天，于12日停止了呼吸。這一年他29歲，坂本32歲。

聚集起來悼念坂本和中岡的志士們很快想到要為兩人報仇。維新戰爭期間，新選組和見回組的成員被抓來后，很快便被處死，坂本遇刺一事的來龍去脈從未完全揭曉。1870年，襲擊時在樓下放哨的一個人承認曾參與此事，被勒令在靜岡的家里幽禁。幾年后他寫了一份很長的懺悔書，但是田中等志士認為，懺悔書的細節跟他們的記憶有出入，因此對其真實性表示懷疑。不管怎么說，這樁謀殺案的幕后主使將永遠是個謎。

維新領袖對兩名志士的死非常惋惜。巖倉尤其為中岡的死感到遺憾，但是總的說來，坂本隨和而有魅力的性格贏得了他更多的贊揚。兩人都使他結交了許多的朋友。田中光顯寫道：“中岡是個圣人，坂本則是真正的英雄。”[54]他們被安葬在京都東山的一座寺廟里，木戶孝允為他們寫了墓志銘。三條實美也從太宰府寫了一首和歌贊美他們：

武士的英魂光耀，死后也仍將守護國土吧（武士のそのたましひやたまちはふ 神となりても國を守るらむ）

坂本成為民族英雄的經過，生動地展示了現代日本民族精神的發展歷程。這種精神并非一朝一夕形成，因為它需要時間以及在國家建構的艱巨任務中的成功。只有這樣，那些領袖才可能因為他們所做的一切而受到贊揚。當評估的時候到來時，坂本的條件堪稱完美，于是就被推上了榮譽的領獎臺。在冒險經歷、快活自信的態度以及來往書信的映襯下，他的形象異常出色，而這正是日本人心目中維新志士的完美形象。

一連串的故事顯示他反應敏捷、活學活用、淡泊名利、不愛金錢、在危險面前從容冷靜等等，于是，坂本成了一名完美的圣人和武士。

有人認為《英將秘訣》這本小冊子是他寫的，這實在是過于慷慨，但是卻進一步反映了坂本的受歡迎程度。那本書中的觀點，比如強烈而自信的倒幕觀，以及強調必須在機會來臨時一把抓住，似乎都與坂本的經歷非常吻合。與此同時，坂本既沒有參加明治政府，也沒有參加反政府的一方，使他成了一名所有人都交口稱贊的英雄。

1883年，坂本的第一本傳記出版了，書名是《汗血千里駒》。這本書半是歷史半是虛構，并將全部的考證工作留給了后來的學者，但它向塑造坂本的流行形象跨出了第一步。1880年代末，隨著日本民族情緒和自豪感的逐漸增強，坂本的名聲也隨之提高。1891年，他和中岡一起被追贈為正四位。

此后，坂本成了維新小說故事中的一個突出形象，那些幸免于難的維新領袖在回憶錄中也對他不吝贊美之詞。坂本自然是一名土佐英雄，而他站在桂濱的臺基上，遠眺浦戶灣的那尊塑像，則意味著他既是海軍的開創者又是國家的領袖。

三條認為坂本死后將繼續保佑國家的話，后來得到了明治天皇的皇后證實。日本兩次在對馬海峽打敗俄國艦隊之前，皇后都夢見了坂本。第二次夢見他時，坂本自我介紹說：“陛下，愚臣生于土佐，名叫坂本龍馬。請陛下放心，我將盡自己的微薄之力，執掌好帝國海軍的命運。”

坂本的名聲并不需要新的花環，但是有了宮廷的加持，其傳奇地位更加鞏固。這個勇敢的英雄形象被逐漸放大，直至掩蓋了他浪人經歷中一些不那么轟轟烈烈的事跡。對于了解現代日本的發展史而言，兩者同樣有趣，且不可抗拒。