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用合成生物方法再現(xiàn)進(jìn)化論,科學(xué)家有望把化學(xué)分子變成有機(jī)生命

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雖然迄今為止,沒有人能在實(shí)驗(yàn)室中創(chuàng)造出真正的有機(jī)生命,但這個看似遙不可及的目標(biāo),如今似乎有望變?yōu)楝F(xiàn)實(shí)。

在 20 世紀(jì) 70 年代,匈牙利化學(xué)家 Tibor Gánti 在其著作《生命原理》(The Principles of Life)中提出了一個革命性的觀點(diǎn)。他認(rèn)為,要理解生命的本質(zhì),我們不應(yīng)該局限于研究 DNA、RNA 和蛋白質(zhì)這些已知生命的具體分子,而是應(yīng)該關(guān)注構(gòu)成生命的基本功能系統(tǒng)。


圖丨 Tibor Gánti(來源:Gulyás László)

Gánti 的理論提出,任何生命形式都必須具備三個相互關(guān)聯(lián)的核心系統(tǒng):負(fù)責(zé)能量獲取和轉(zhuǎn)化的代謝系統(tǒng)、承載遺傳信息的存儲復(fù)制系統(tǒng),以及將生命體與環(huán)境分隔的界面系統(tǒng)(如細(xì)胞膜)。這三個系統(tǒng)并非孤立運(yùn)作,而是通過復(fù)雜的化學(xué)網(wǎng)絡(luò)緊密相連,共同構(gòu)建了一個能夠自我維持的生命整體。這個被稱為“化學(xué)自動機(jī)”(Chemoton)的理論模型,為我們理解生命的本質(zhì)提供了全新視角。


圖丨 Gánti 的 Chemoton 模型(來源:The Principles of Life)

半個世紀(jì)后的今天,這個前瞻性的理論終于迎來了實(shí)踐的機(jī)會。在歐洲研究理事會(ERC)的支持下,一個名為“MiniLife”的重大項目正在進(jìn)行。這個獲得 1000 萬歐元資助的項目,計劃在六年內(nèi)完成從簡單化學(xué)分子到基礎(chǔ)生命形式的跨越。

項目由匈牙利科學(xué)院院士 Szathmáry E?rs 領(lǐng)銜,聯(lián)合了來自多個歐洲研究機(jī)構(gòu)的專家,包括化學(xué)家Sijbren Otto和 Gonen Ashkenasy,以及分子生物學(xué)家 Andrew Griffiths。這個跨學(xué)科團(tuán)隊的目標(biāo)是創(chuàng)建一個“最小生命系統(tǒng)”——能夠在營養(yǎng)液中自主生長、復(fù)制的微觀結(jié)構(gòu)。在顯微鏡下,這些結(jié)構(gòu)會呈現(xiàn)出球狀形態(tài)。


圖丨 Szathmáry E?rs(來源:Szigeti Tamás)

研究人員正在評估四個系統(tǒng),這些系統(tǒng)可能單獨(dú)或組合起來成為極簡生命的基礎(chǔ)。所有系統(tǒng)都是“自催化”的,這是自我復(fù)制中一個必要的屬性,其中化學(xué)反應(yīng)由其自身產(chǎn)物催化。

其中最有前景的方向是在巴黎高等物理化學(xué)工業(yè)學(xué)院(ESPCI)進(jìn)行的實(shí)驗(yàn) [1]。研究人員在油性介質(zhì)中創(chuàng)建了微小的水滴,這些水滴像人工細(xì)胞一樣彼此不會融合。通過向部分“細(xì)胞”中添加乙醛糖(作為自催化劑)和甲醛(作為營養(yǎng)物質(zhì)),他們觀察到了稱為聚糖反應(yīng) (Formose Reaction) 的過程。這個過程展現(xiàn)出了生命系統(tǒng)的一些基本特征:通過滲透作用,含有乙醛糖的水滴會從其他水滴中吸收水分,導(dǎo)致它們開始生長,并在外部作用下可以分裂。


圖丨由自催化反應(yīng)驅(qū)動的液滴生長(來源:Nature Chemistry)

同時,在格羅寧根大學(xué),Sijbren Otto 教授的團(tuán)隊在另一個方向有了重要發(fā)現(xiàn) [2]。他們發(fā)現(xiàn)某些分子能夠自發(fā)組織成環(huán)狀結(jié)構(gòu),并進(jìn)一步堆疊成纖維。這些纖維表現(xiàn)出出人意料的自我復(fù)制能力:當(dāng)一個纖維斷裂時,每個部分都能繼續(xù)生長成新的纖維。

更重要的是,這個系統(tǒng)還展現(xiàn)出了達(dá)爾文進(jìn)化的特征。研究人員觀察到兩種不同大小的環(huán)(3 環(huán)和 6 環(huán))會在不同環(huán)境條件下競爭生存。在高度氧化的環(huán)境中,3 環(huán)生長更快;而在低氧化環(huán)境中,6 環(huán)占據(jù)優(yōu)勢。而且,這些復(fù)制體還能通過光照改變環(huán)境的氧化狀態(tài),從而影響競爭結(jié)果。


(來源:Nature Chemistry)

這種生態(tài)-進(jìn)化動態(tài)的出現(xiàn)具有重要意義。在強(qiáng)光條件下,6 環(huán)復(fù)制體會增加環(huán)境的氧化水平,但這種改變反過來又會抑制它們自身的生長,最終導(dǎo)致 3 環(huán)復(fù)制體占據(jù)主導(dǎo)地位。這種復(fù)雜的相互作用模式與自然界中的生態(tài)系統(tǒng)驚人地相似,它證明即使是簡單的化學(xué)系統(tǒng)也能產(chǎn)生類似生命的復(fù)雜行為。

為了推進(jìn)研究,科學(xué)家們正在利用人工智能來探索可能的化學(xué)反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)。他們給 AI 設(shè)定了基于化學(xué)規(guī)則的任務(wù),讓它從基本原子開始,逐步預(yù)測可能的反應(yīng)路徑。這個過程就像剝洋蔥一樣,一層層地探索反應(yīng)產(chǎn)物的可能性。

首先,它會分析給定的原子和基本化學(xué)規(guī)則,預(yù)測可能發(fā)生的初始反應(yīng)。然后,它會繼續(xù)分析這些反應(yīng)產(chǎn)物可能參與的下一步反應(yīng)。在這個過程中,程序會特別關(guān)注是否出現(xiàn)自催化組織這樣的突現(xiàn)現(xiàn)象。這種計算機(jī)輔助方法大大提高了研究效率,使研究人員能夠在實(shí)驗(yàn)室實(shí)踐之前就識別出最有希望的化學(xué)系統(tǒng)。

如果項目能順利完成,我們可以想象一下那個場景:在一個充滿營養(yǎng)液的容器中,微觀的球狀結(jié)構(gòu)會自主游動、生長,并不時發(fā)生分裂。如果這個系統(tǒng)確實(shí)實(shí)現(xiàn)了 Gánti 理論的預(yù)設(shè),那么一個意義更加重大的現(xiàn)象將會出現(xiàn)——進(jìn)化的萌芽。

在這些人工細(xì)胞中,儲存的信息(即 Gánti 理論中的第二個核心要素)在不斷的分裂過程中必然會出現(xiàn)細(xì)微的變化。這些變化將導(dǎo)致后代之間出現(xiàn)競爭:那些能夠更快生長、更有效利用營養(yǎng)或在競爭中占據(jù)優(yōu)勢的個體將會逐漸占據(jù)主導(dǎo)地位。

這一突破性進(jìn)展將帶來兩個重要成果:首先,研究人員將獲得一個完全透明的進(jìn)化模型系統(tǒng),可以詳細(xì)研究進(jìn)化過程的每個細(xì)節(jié)。盡管這個項目并不直接研究地球生命的起源,但這種簡單生命系統(tǒng)的進(jìn)化模式可能為解開生命起源之謎提供重要線索。其次,這種進(jìn)化能力使系統(tǒng)有潛力適應(yīng)并完成特定任務(wù),同時其演化過程中“選擇”的化學(xué)解決方案也便于追蹤和研究。

不過,這項研究也引發(fā)了一些擔(dān)憂:這些人工創(chuàng)造的生命形式是否可能在某個時刻逃離實(shí)驗(yàn)容器,在現(xiàn)實(shí)世界中尋求生存空間?尤其是考慮到它們具有進(jìn)化能力,這種擔(dān)憂似乎并非毫無道理。

對此,Szathmáry E?rs 解釋說:由于系統(tǒng)環(huán)境與外部環(huán)境有著根本的差異,加上這些原始生命系統(tǒng)極其脆弱的特性,它們幾乎不可能在實(shí)驗(yàn)室環(huán)境之外存活。盡管如此,研究團(tuán)隊仍然保持著高度的警惕。

而除了加深了我們對生命本質(zhì)的理解之外,這項研究還可能在催化劑開發(fā)等領(lǐng)域帶來實(shí)際應(yīng)用。

更重要的是,它實(shí)驗(yàn)性地證實(shí)了 Gánti 的理論洞見:生命的本質(zhì)不在于特定的分子組合,而是一個具有特定功能的自組織系統(tǒng)。這種認(rèn)知或?qū)⒏淖兾覀儗ι膫鹘y(tǒng)定義,同時為尋找地球外生命形式提供了全新的思路。

參考資料:

1.https://www.nature.com/articles/s41557-023-01276-0

2.https://www.nature.com/articles/s41557-023-01301-2

3.https://hungarytoday.hu/research-group-aims-to-create-life-from-chemical-molecules/

4.https://www.rug.nl/sciencelinx/nieuws/2023/12/2023-12-19-sijbrenottobuildinglevenbouwenzonderdna?lang=en

5.https://mta.hu/tudomany_hirei/negymilliard-ev-utan-ujra-megszulethet-az-elet-a-foldon-113777

6.https://www.ft.com/content/26ac437d-0307-44aa-923c-

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